Je pense que la meilleure façon d'énerver les PC sans les mettre en colère est de faire des choses aux choses auxquelles ils tiennent, plutôt qu'à eux. De cette façon, ils n'auront pas l'impression que l'univers, et par extension vous, s'en prend à eux. Mettez-les en colère en faisant en sorte que les antagonistes piétinent quelque chose qui leur tient vraiment à cœur.
Vos PC ont-ils de la famille ? Demandez à un antagoniste de les kidnapper ou de les tuer. Ou, plus subtilement, faites en sorte qu'un antagoniste détruise leur vie (en les jetant hors de chez eux, par exemple). Lorsque le joueur le découvrira, cela risque de le bouleverser.
Vos joueurs n'ont peut-être pas une histoire bien développée, auquel cas vous devrez travailler un peu plus. Votre joueur est-il un paladin ? Faites en sorte que l'antagoniste souille le temple de son Dieu. Un voleur thésauriseur ? Volez sa cachette. Quelqu'un qui possède une arme vraiment géniale ou caractéristique ? Volez-la ou cassez-la (tant qu'il y a une possibilité de la réparer, cette dernière ne l'énervera probablement pas, ou l'antagoniste pourrait avoir le seul gadget équivalent, ce qui pourrait être sa motivation pour la détruire.
Ce que je veux dire, c'est que (a) réfléchissez à ce qu'ils apprécient, (b) soyez créatif, (c) assurez-vous que si vous leur prenez quelque chose, vous êtes également prêt à leur rendre la pareille - ce n'est peut-être pas nécessaire immédiatement, mais il doit y avoir un sentiment de progrès à la suite de l'intrigue que vous planifiez.
Personnellement, j'aime quand le MJ est méchant avec moi, tant que cela crée une histoire. Si vos joueurs sont suffisamment matures, ils comprendront, je l'espère, que ce que vous faites est bien, mais que c'est à vous d'en faire un bon jeu.