Pour autant que je sache, accorder un titre à quelqu'un supprime automatiquement sa position de conseiller. Il y a des situations où cela les rendrait inéligibles, comme l'aumônerie de la cour ou le fait de ne plus être votre vassal, et c'est juste une façon de les couvrir toutes.
Si le personnage en question est toujours éligible avec son nouveau titre et que vous voulez toujours qu'il fasse partie de votre conseil (c'est probablement le cas - il est aussi bon qu'avant mais maintenant il vous apprécie pour lui avoir donné un titre), vous pouvez le réengager. Cela peut prendre quelques jours pour que les choses soient mises à jour, alors lancez le jeu un peu si vous ne les voyez pas tout de suite.
Je précise que je n'ai jamais vu quelqu'un recevoir le malus "Viré du Conseil", que je l'aie réengagé ou non. Il se peut que ce soit un changement, ou que vous le confondiez avec le malus "Vassal puissant" ou peut-être le malus "Ambition".