Il existe des moyens d'empêcher le vol facile -- Vent fort (DMG p.110) est le plus évident -- mais la réponse la plus importante à votre question est peut-être de demander :
Pourquoi l'avion besoin de à contrer ou à prévenir ?
L'accès anticipé au vol n'est pas propre à l'aarakocra. De nombreux lanceurs de sorts peuvent lancer Lévitation au 3e niveau et Voler au 5e, et les druides peuvent se transformer en oiseaux au 8e niveau. Un certain nombre de classes, de races ou d'objets peuvent fournir une téléportation à courte distance à des niveaux bas, ce qui soulève les mêmes questions. Si votre histoire dépend de l'impossibilité pour les héros d'accéder à des lieux physiques spécifiques, vous aurez bien d'autres problèmes qu'un seul gars avec des ailes.
Mais je pense que vous trouverez que cela n'arrive pas aussi souvent que vous le craignez.
À moins que le groupe entier ne puisse voler ou se téléporter, il ne peut pas vraiment contourner la plupart des situations en les survolant. Bon, un gars a franchi le mur du château - et maintenant ? Soit il est seul en territoire ennemi et doit trouver les commandes du pont-levis, ce qui est une belle petite aventure en soi, soit il lance une corde et tout le monde doit grimper, ce qui revient à faire des jets pour accomplir une tâche (et n'est pas vraiment différent du barbare qui escalade le mur en premier, ou du voleur qui lance un grappin). Et si le groupe dépense des ressources (sorts, objets, etc.) pour contourner un problème, qu'y a-t-il de mal à cela ? Ils utilisent correctement les capacités de leurs personnages pour relever les défis.
Certaines de vos questions me rendent un peu inquiet. Qu'est-ce qu'un "puits inéluctable", exactement ? Est-il impossible d'y grimper (comment ?), d'en sortir à l'aide d'un grappin, et ainsi de suite ? Voulez-vous vraiment cela dans votre jeu ? Si vous ressentez le besoin de mettre continuellement des panneaux "pas de retour au-delà de ce point" devant vos joueurs, vous leur imposez peut-être trop de contraintes. Ils devraient avancer parce qu'ils veulent finir le travail, et non parce qu'il est impossible de marcher dans une autre direction.