Ayez plus d'un méchant - et développez tous vos méchants en des personnages complets qui en plus de leur côté sombre "vilain", ont également des caractéristiques neutres et bonnes .
Privilégiez le réalisme des personnages. Personne n'est entièrement bon ou mauvais. Chaque joueur de pouvoir a un peu de bien en lui (et il peut aussi s'avérer être le père d'un de vos PC. Surtout si le PC s'appelle Luke. :))
Dans le cas du méchant "sympathique", dont vous souhaitez que les PJ fassent avancer le programme, concentrez-vous sur les aspects positifs. Illustrez-les régulièrement, mais pas toujours en les mettant directement en lumière (ce serait trop évident), mais subtilement, par des allusions et des indices, et opposez-les aux traits négatifs de l'"ennemi".
Exemple : Lorsqu'un PC se fait tirer dessus par un mafieux rival, il est emmené à l'hôpital pour quelques jours, où il entend accidentellement une conversation entre une femme et un médecin. Il s'avère qu'il s'agit de la femme de votre sympathique Don Villainetti, et qu'elle interroge le médecin sur les besoins de l'hôpital, car elle et son mari sont sur le point de faire don d'une somme importante à l'institution qui a sauvé la vie de leur fille. Le médecin (un membre important du conseil d'administration de l'hôpital) ne veut pas accepter le don, car il craint que les flics, dirigés par l'inspecteur principal Goodman, un pion du maire Major, ne l'utilisent - c'est-à-dire qu'ils acceptent l'argent de Villainetti - dans le jeu politique pour évincer le conseil d'administration actuel de l'hôpital et remplir les postes avec leurs laquais médicalement incompétents. La femme de Villainetti répond à cela qu'elle et son mari le savent, et qu'ils sont prêts à faire un don anonyme - ce qui montre qu'ils sont vraiment reconnaissants. Alors, qui est le mal ici ? Bien sûr tout le monde, un peu. Car lorsque le PC se rétablit, Villainetti lui demande, ainsi qu'au groupe, d'organiser un blanchiment d'argent pour lui. Pour l'hôpital, bien sûr. Seulement pour l'hôpital. Le problème est que l'inspecteur Goodman a trop d'yeux. Certains devraient être forcés de se fermer pour un moment.
Oui, l'exemple ci-dessus correspondrait en partie au troisième point de la réponse de @WhiteWolfDM (une bonne réponse que j'ai votée). Ce que j'essaie de souligner ici, en contraste avec cela, c'est qu'il devrait y avoir du vrai bon dans votre méchant sympathique, qu'il devrait être un personnage à plusieurs niveaux, bien développé, plus gris foncé que noir... et que ses ennemis, contre lesquels il va utiliser les PCs, ne devraient pas vraiment être de simples victimes non plus, la plupart du temps : ils devraient être tout aussi arrondis, des figures grises. Un flic - qui bat sa femme (qui l'empoisonne lentement à son tour.) Un procureur - qui a envoyé son mari en prison en utilisant des preuves fabriquées, fausses, pour se débarrasser de lui (parce qu'il l'a trompée, à son tour, parce que..., parce que...).
Vous voyez l'idée, je suppose. Des couches complexes de personnalités opposées, des couches d'informations contradictoires, des révélations lentes. :)
Mais, comme l'a dit @valadil dans un commentaire : Faites attention, n'en faites pas trop. Vous ne voulez pas que les joueurs frustrés se détournent de votre narration. Donnez-leur des succès.