Greg Stolze Règne est à peu près dans votre allée ici. Bien que ses règles pour les "entreprises" (ou vraiment n'importe quelle organisation) soient écrites en partant du principe que les PCs dirigent ensemble une seule organisation, j'ai joué (et vu) plus de parties qui correspondent à votre description que le jeu "standard". Et le côté politique est géré de manière suffisamment objective pour que le MJ puisse servir d'arbitre pour ces parties.
Je dois également ajouter que vous disposez à la fois de règles de "combat de masse", comme pour mener une bataille avec deux armées, et d'un ensemble de règles plus abstraites pour les conflits plus importants, où même les résultats des batailles individuelles sont réduits. Vous pouvez donc vraiment choisir votre propre niveau d'engagement avec le système.
Les règles de base sont disponibles en version imprimée et en format PDF et sont très bon marché. Règne a également son propre cadre, qui est le médiéval fantastique, mais ce n'est pas vraiment de la fantasy "vanille", donc vous pourriez vouloir commencer avec les règles de base et construire votre propre monde autour de cela.
Liens vers Reign : Règles de base en PDF et à imprimer : http://www.rpgnow.com/product_info.php?products_id=79955
La configuration complète en PDF : rpgnow.com/product_info.php?products_id=59095 et en version imprimée : indiepressrevolution.com/xcart/product.php?productid=16591
Deux autres qui seraient de loin les seconds dans mon livre sont :
Mondes Savage est bon pour le combat à l'échelle d'un groupe + quelques alliés et possède des règles de combat de masse pour démarrer, mais il manque beaucoup de règles pour la construction de royaume. Les règles supposent beaucoup de cartes, de figurines et d'autres choses qui peuvent poser problème si vous utilisez directement Skype (par opposition à une solution de table virtuelle comme Maptool).
5e édition de D&D (et certaines éditions antérieures, bien que j'aie moins d'expérience directe avec celles-ci) a des règles de combat de masse (depuis une récente version gratuite sur wizards.com) et de nombreuses options pour la construction de forteresses et la gestion d'une entreprise dans le DMG, mais ce n'est pas vraiment sa force principale et la gestion du type de campagne JcJ dont vous parlez est un territoire inexploré.