Le premier scénario (transfert d'une sauvegarde sur une copie numérique) devrait être possible. Dans l'E-Shop de la 3DS, il existe une application gratuite appelée "Save Data Transfer Tool". Pour citer la page du magasin :
L'outil de transfert des données de sauvegarde permet aux utilisateurs de la Nintendo 3DS de transférer les données de sauvegarde de la version physique d'un jeu à la version téléchargeable. Les joueurs qui ont acheté la version physique d'un jeu pourront reprendre leurs données de sauvegarde là où elles ont été laissées s'ils décident de télécharger la version numérique du même jeu. Les données de sauvegarde transférées vers un jeu numérique ne peuvent pas être transférées vers la version physique.
Cela semble déplacer la sauvegarde de la cartouche à la version numérique, pas copie . Notez qu'il faudrait probablement que le jeu corresponde exactement ; comme dans le cas du transfert de la sauvegarde de la cartouche Pokemon X vers le Pokemon X numérique, et non pas de X à Y. De plus, comme l'indique la description du magasin, il s'agit d'un transfert à sens unique uniquement, du physique au numérique, sans retour en arrière.
Le deuxième scénario (transfert d'une cartouche à une autre) n'est pas, à ma connaissance, possible. Cependant, avec la banque Pokemon, il pourrait être possible de retirer des pokémons stockés sur différentes cartouches, à condition qu'il s'agisse de votre identifiant Nintendo Network. Comme la banque ne stocke pas d'objets, cela n'est utile que pour transférer des pokémons. Votre progression dans l'histoire et les objets de votre sac à dos seront conservés dans le fichier de sauvegarde de la cartouche.