Oui, toute partie du corps cassée pendant la lapidation est toujours perdue lorsqu'elle est restaurée.
El De la chair à la pierre les états d'esprit :
Si la créature est physiquement brisée pendant qu'elle est pétrifiée, elle souffre de déformations similaires si elle revient à son état d'origine.
De même, l'entrée du Basilic dans le MM indique :
Malheureusement pour les [créatures transformées en pierre], toute partie perdue sous forme de pierre reste absente si la créature revit. La revivification à l'aide d'[huile faite à partir de l'estomac d'un basilic] est impossible si une partie vitale de la créature pétrifiée, comme sa tête, est détachée.
Plusieurs autres créatures et effets peuvent infliger la condition de pétrification (Méduses, Détenteurs, Gorgones, Pulvérisation/mur prismatique) mais aucun d'entre eux ne mentionne d'effets durables de restauration (ou leur absence). Puisqu'il n'y a pas de situation qui va explicitement à l'encontre des 2 ci-dessus, cela m'amène à croire que perdre une main (ou une patte) alors qu'on est pétrifié aura toujours pour conséquence de perdre cette main si on est restauré.