Alors, il est vrai que "le score de compétence et le bonus de maîtrise de la personne sont sans importance" pour le tir d'armes à bord d'un navire, cela ne signifie pas nécessairement que c'est l'arme de siège qui effectue l'attaque. Ni la section des armes de siège du DMG, ni les armes montées sur véhicules dans BG:DiA, ni les armes de bord dans AAG ne disent réellement qui effectue le jet d'attaque: l'arme elle-même ou l'équipage qui la tire.
Si, comme vous le dites, c'est l'arme elle-même qui effectue le jet d'attaque, alors oui, cela limite considérablement ce qui peut influencer ce jet. Le système de combat de D&D est construit autour de créatures attaquant des créatures, et il existe de nombreuses façons d'influencer ces jets d'attaque. Lorsqu'un objet attaque un objet, les règles de soutien pour influencer le jet d'attaque sont en effet assez minces.
Cependant, il y a quelques choses qui peuvent affecter un tel jet :
Prendre pour Cible
L'Action Spéciale 'Prendre pour Cible' accordée aux officiers navals dans GoSM (198) :
Actions Spéciales de l'Officier Durant une rencontre, le capitaine, le premier officier et le bosco ont chacun accès à deux options d'action spéciales : Prendre pour Cible et Pleine Vitesse...
Prendre pour Cible En tant qu'action, le capitaine, le premier officier ou le bosco dirigent le tir de l'équipage, aidant à viser l'une des armes du navire. Sélectionnez l'une des armes du navire qui se trouve à moins de 10 pieds de l'officier. Elle bénéficie d'un avantage sur le prochain jet d'attaque qu'elle effectue avant la fin du prochain tour du navire.
Il est intéressant de noter que les règles de GoSM sont les seules à dire spécifiquement que ce sont les armes de siège elles-mêmes qui effectuent les attaques (plutôt que l'équipage) et aussi les seules à donner spécifiquement aux membres de l'équipage un moyen d'influencer ces jets.
Alors que votre question a été posée par Spelljammer, et qu'il n'existe aucun moyen dans ce système de règles d'améliorer les jets des armes, l'Action Spéciale mentionnée dans les règles de GoSM n'est en aucun cas une extension lointaine. Il y a peu de différence de thème ou de mécanique entre le capitaine de spelljammer et celui d'un navire en mer, et vous (ou votre DM, si vous êtes un joueur) pourriez facilement rendre disponible une telle action spéciale à un capitaine de spelljammer. En effet, je ne vois pas pourquoi un capitaine naval ne pourrait pas devenir capitaine d'un vaisseau spelljamming (emportant leur action spéciale avec eux), puisqu'il n'y a aucune exigence de règles pour l'un ou l'autre poste.
Chance Abondante
Guide de Xanathar pour tout inclut un don racial pour les Halfelins appelé Chance Abondante (pp. 73, 74) :
Lorsqu'un allié que vous pouvez voir dans un rayon de 30 pieds de vous fait un 1 sur le d20 pour un jet d'attaque, un test d'aptitude ou un jet de sauvegarde, vous pouvez utiliser votre réaction pour permettre à l'allié de relancer le dé. L'allié doit utiliser le nouveau jet.
Remarquez que tel que écrit, un Halfelin avec ce Don peut l'utiliser sur n'importe quel "allié", pas seulement sur une 'créature alliée'. Puisqu'il n'y a aucune définition de jeu de ce qu'est un allié, un DM pourrait considérer que l'arme de siège elle-même travaille vers un objectif commun avec le Halfelin, et donc permettre au Halfelin d'accorder une relance sur le jet d'attaque, rendant ainsi l'attaque de l'arme de siège plus précise.