Vous ne le faites pas
Même si j'aimerais recommander des règles maison pour fournir un "combat de gunfight réaliste" avec les règles de couverture intégrées... je ne peux pas.
Le problème avec D&D en général, à la lumière de cette question, est qu'il favorise les jeux "héroïques", où les créatures en prennent régulièrement (sauf s'ils sont des magiciens de premier niveau) des douzaines de coups d'épée sans trop en souffrir. Vos objectifs sont : science-fiction, réalisme, tactique très poussée et couverture intéressante.
Permettez-moi d'aborder les points individuellement :
D&D peut certainement traiter les paramètres plus space-opera/fantasy de style "sci-fi", mais il faudra adapter les règles. Personnellement, je chéris mon livre de règles "Fading Suns" qui offre un excellent traitement d'un univers de science-fiction avec les règles 3.0. ... Mais je n'y joue pas. Cela vaut probablement la peine de chercher un système conçu autour du cadre que vous souhaitez évoquer.
Le système 3.5 par défaut (je ne parle pas de la version moderne ici, car je n'ai pas d'expérience avec) ne peut pas gérer les combats de gunfight correctement. Les armes par défaut, celles présentées dans le DMG de D&D (et en faisant une recherche rapide sur Google, trouvées ici) ... ne font pas des dommages réalistes. Un .357 magnum, selon le wiki, inflige 2d12 de dommages. Si vous êtes touché pour 2d12 de dommages, cela fait certainement mal, mais il y a de meilleures choses à faire que de chercher un abri.
Le problème avec les règles des armes dans le 3.5 est... vous allez devoir faire beaucoup de travail en matière de règles maison et trouver de bonnes solutions que vous pourriez aussi bien trouver un meilleur système de base. Augmenter leur léthalité est bien, mais alors les personnages... ne se sentent plus comme des héros. Parce que cela fait mal.
La couverture dans le 3.5 est gérée avec un certain nombre de conditions, avec très peu de différences entre les choses offrant les mêmes conditions. Cela est tout à fait approprié pour les éléments modélisés dans le 3.5, surtout quand on considère que vous ne voulez généralement pas que les gens utilisent la couverture dans un jeu héroïque. Ce n'est tout simplement pas amusant.
Le meilleur jeu basé sur la couverture que je connais est Aces & Eights. Vous avez un cadran de tir, vous appliquez la couverture, physiquement, sur le cadran, et ensuite vous voyez où vous avez touché. C'est aussi le plus réaliste. Il faudrait un peu d'effort pour adapter le cadran de tir à un cadre en ligne cependant.
Pour résumer, D&D est conçu pour le combat héroïque en mêlée. Le tir tactique basé sur la couverture est un peu une niche qui n'est pas très bien soutenue. Bien que ce soit possible de le faire, et je soutiens la réponse de @MadMAxJr à cet égard (surtout en ce qui concerne les dommages massifs), garder une trace des règles maison sera difficile et frustrant.
Je vous encourage à poser une nouvelle question (si vous pensez que ma réponse a du mérite) avec des détails sur votre cadre, sollicitant des systèmes. (J'ai du mal à penser à en recommander un qui soit non générique sur-le-champ.) À défaut, explorez ce que GURPS a à offrir, car ce système peut tendre beaucoup plus vers le réalisme que D&D.