Alors qu'un scanner système peut vous indiquer si un vaisseau est présent ou non dans le système, il n'y a pas de moyen fiable d'éviter les ennemis équipés de missiles sans éviter complètement les ennemis. Certains en auront tout simplement. Les vaisseaux automatisés (avec une IA plutôt qu'un équipage) ont tendance à être les plus grands contrevenants (et, malheureusement, ils ne peuvent pas être capturés intacts, ce qui en fait de bons candidats à la fuite si vous ne pensez pas pouvoir les tuer rapidement).
La meilleure chose que vous puissiez faire (puisque vous avez exclu les drones antimissiles) est de vous assurer de cibler leurs systèmes d'armes dès le départ et de continuer à les pilonner pour qu'ils restent à terre. C'est un bon conseil en général, quelles que soient les armes de l'ennemi, mais c'est essentiel lorsqu'il s'agit d'ennemis qui tirent des missiles. Il vaut probablement la peine d'utiliser un ou deux de vos propres missiles pour cibler ces systèmes afin d'être sûr de les détruire au plus vite.
Si même cela vous cause des problèmes (comme dans votre commentaire "Je n'arrive pas à les toucher assez vite pour les éteindre"), vous êtes en quelque sorte fichu. Je veux dire, certains missiles vont juste passer au travers et vous devrez faire avec. À ce stade, le mieux que vous puissiez faire est d'apprendre à reconnaître les ennemis qui vous causeront plus de problèmes qu'il n'en vaut la peine de les tuer, et de les fuir rapidement. Honnêtement, en début de partie, vous ne devriez pas avoir à fuir beaucoup, du moins avec le Kestrel. Assurez-vous simplement de garder vos missiles pour les gros frappeurs au lieu de les gaspiller sur des vaisseaux qui ne peuvent pas vous faire grand chose de toute façon.