Le vaisseau de guerre subit les 50 dommages
Dans la citation que vous avez fournie, il est dit (DMG, pg. 246) :
Un objet ayant un seuil de dégâts est immunisé contre tous les dégâts, sauf s'il subit une quantité de dégâts d'une seule attaque ou d'un seul effet égale ou supérieure à son seuil de dégâts, dans ce cas, il subit des dommages comme d'habitude .
"Il subit les dégâts normalement" signifie qu'il subit les 50 dégâts comme s'il n'avait pas le seuil. La seule différence ici entre les objets avec et sans seuil est que les attaques qui font moins que le seuil ne font rien.
Ce n'est pas la même chose que, disons, points de vie temporaires qui utilisent une formulation différente (PHB, p. 198) :
Lorsque vous avez des points de vie temporaires et que vous subissez des dommages, les points de vie temporaires sont perdus en premier, et les points de vie temporaires sont perdus en second. tout dommage restant est reporté sur vos points de vie normaux. . Par exemple, si vous avez 5 points de vie temporaires et subissez 7 dégâts, vous perdez les points de vie temporaires et subissez ensuite 2 dégâts.
Il est question de "reporter" des points de vie. Si c'est ainsi que les seuils de dégâts étaient censés fonctionner, une formulation similaire aurait probablement été utilisée. En l'état actuel des choses, il est simplement dit qu'il "subit des dégâts comme d'habitude", ce qui signifie, dans votre exemple, que le navire de guerre subit la totalité des 50 points de dégâts.