Je pense qu'il y a deux types de réponses à cette question, selon que les temps de rangement plus longs vous dérangent ou non.
Si vous êtes prêt à faire un effort supplémentaire pour ranger les pièces, vous pouvez gagner beaucoup de temps en rangeant les composants dans des sacs correspondant au nombre de joueurs. Par exemple, un sac de points de victoire "3 joueurs" contenant 75 PV, un sac de points de victoire "4 joueurs" contenant 25 PV (100-75) et un sac de points de victoire "5 joueurs" contenant 22 PV (122-100). Pour jouer à 4 joueurs, il suffit de sortir les sacs pour trois et quatre joueurs.
La même astuce peut être appliquée aux colons. Il y a un exemple de ce qui a été fait très proprement ici : http://boardgamegeek.com/image/841793/puerto-rico
Si l'on part du principe que vous voulez gagner du temps, je connais d'autres moyens d'y parvenir.
La même idée d'avoir des sacs séparés peut être appliquée, en marquant certains des jetons de points de victoire et des colons. Par exemple, il n'y aurait pas d'incidence sur le jeu si les colons étaient peints dans trois tons de brun différents ou si le devant des jetons de points de victoire était marqué de petits points.
On peut aussi compter les colons très rapidement lorsqu'ils sont à plat sur une surface en utilisant deux bords droits. L'astuce consiste à les pousser pour obtenir une forme triangulaire, puis à sélectionner les colons en fonction du nombre de rangées. Voir cette image et les commentaires qui suivent, pour plus de détails.
Un dernier moyen évident, mais parfois négligé, d'accélérer la mise en place d'un jeu, est de répartir les tâches. Je finis généralement par le faire, car sinon certains joueurs ont tendance à rester en retrait jusqu'à ce que le jeu soit prêt à commencer.