D'après ce que j'ai compris, tout cela est un plan orchestré par le Grand Patron.
Il se réveille de son coma, et les gens découvrent qu'ils veulent sa mort. Il se déguise en Ishmael et fait transformer l'infirmier qui a été le plus touché par le crash de l'hélicoptère dans "Ground Zero" en un sosie ou un leurre. Ironiquement, le médecin était également dans le coma depuis neuf ans.
Il va ensuite plus loin et demande à tout le monde de convaincre ce leurre, ou "fantôme" comme le jeu l'appelle, qu'il est en fait le vrai Big Boss. Le raisonnement est le suivant : Big Boss veut qu'Outer Heaven devienne une nation, et il peut atteindre cet objectif plus facilement avec un "fantôme"...
Le Phantom continue en créant une base Outer Heaven en Afrique (le cadre du jeu Metal Gear original pour MSX) tandis que le vrai Big Boss crée une base à Zanzibar (le cadre de Metal Gear 2 : Solid Snake). Le Fantôme est le Big Boss que Solid Snake combat et, je suppose, tue dans le premier jeu, ce qui explique pourquoi le Big Boss était vivant dans Metal Gear 2 : Solid Snake.