Ce qui se passe ici, c'est que vos joueurs traitent votre système de "désavantage" de la même manière qu'ils traitent tous les autres éléments de la création de personnage : ils essaient de construire un bon personnage.
Prenons l'exemple de l'attribution des points de statut. Supposons que quelqu'un joue un combattant et qu'il choisisse d'avoir un score de force élevé et un score de sagesse plus faible. Nous pourrions dire : "C'est vraiment nul ! Vous minimisez vos statistiques pour faire un meilleur personnage ! Tu devrais jouer quelque chose de plus réaliste, comme un combattant dont la meilleure caractéristique est l'intelligence !".
Supposons maintenant que notre combattant alloue ses points de compétence et qu'il choisisse de mettre beaucoup de points de compétence dans le "combat de mêlée". Nous pourrions dire : "C'est vraiment nul ! Tu maximises tes compétences pour faire un meilleur personnage ! Tu devrais jouer quelque chose de plus réaliste, comme un combattant dont les compétences sont la préparation des repas et la littérature du dix-huitième siècle !"
Et maintenant, notre combattant choisit des désavantages, et il choisit "peur des araignées" et "ne supporte pas la nourriture épicée". Nous pourrions dire : "C'est vraiment nul ! Vous minimisez vos désavantages pour faire un meilleur personnage ! Vous auriez dû choisir 'sujet à des crises d'épilepsie en plein combat' et 'pacifiste' !".
En d'autres termes, le problème que vous rencontrez est que [vos joueurs croient que] votre jeu récompense les personnages les plus compétents en leur donnant plus de succès. Ce n'est pas inhabituel : presque tous les jeux de rôle le font. Si vous voulez vraiment résoudre ce problème pour de bon, vous devez faire comprendre à vos joueurs que la compétence de leurs personnages n'a pas d'importance. Une option serait de passer à un jeu comme Fiasco où l'on s'attend à ce que tous les personnages meurent de façon atroce à la fin. Au minimum, vous devrez probablement cesser d'avoir des combats dans votre jeu, parce que les combats récompensent généralement les personnages qui ont les meilleures statistiques de combat.
Si vous n'êtes pas prêts à éliminer complètement le principe du "les personnages les plus compétents réussissent mieux", une bonne solution consiste à utiliser un système de création de personnages plus simple. Vous pourriez utiliser quelque chose comme Le monde des donjons où il n'y a pas autant de choix de création de personnage, donc il n'y a pas autant de décisions à prendre pour min-maxer.
Mais, pour répondre formellement à votre question : si vous n'aimez pas que les gens minimisent leurs inconvénients, la meilleure solution est de ne pas utiliser un système qui présente des inconvénients . Vous pouvez passer à un système de jeu qui n'a pas de "désavantages", ou vous pouvez rester avec votre jeu actuel et simplement l'éliminer à la maison. (Si vous la supprimez, vous devrez peut-être accorder à vos personnages un bonus d'expérience pour compenser ce qu'ils perdent en ne prenant pas de désavantages).