Bien qu'il soit possible que le mana disparaisse (s'il y en a trop, par exemple), je pense que le mana qui se retrouve dans des zones inaccessibles de la carte serait considéré comme "sur le terrain" et réparti entre les banques de joueurs au début de la phase suivante :
Les cristaux de mana qui se trouvent sur le sol au début d'une phase de combat ou à la fin d'une mission sont répartis entre les joueurs et déposés directement dans leur banque.
Ceci est cité dans l'entrée Wikia de Dungeon Defenders pour Mana Bien que je pense qu'il s'agisse également d'une astuce pour les écrans de chargement.
EDIT : Et pour confirmer, un passage plus loin dans la page répond à la deuxième question :
Lorsque la limite du nombre de cristaux de mana sur la carte est atteinte, les cristaux les plus anciens disparaissent pour laisser la place aux nouveaux. Cette limite est de 30 sur les versions mobiles. Comme la limite est basée sur la quantité et non sur la valeur, il est possible que des cristaux plus anciens et plus précieux soient remplacés par des cristaux plus récents et moins précieux. Les cristaux qui disparaissent sont perdus et ne sont pas déposés à la banque.