J'ajoute ma propre réponse car aucune des autres ne me semble tout à fait correcte ;)
En rejouant le jeu avec ma propre sauvegarde de ME2 où j'ai fait la cour à Tali, la scène s'est déroulée comme vous l'avez décrite (avec les Quariens masqués). Je soutiens cependant que ce n'est PAS un trou dans l'intrigue : Shepard a commenté ce fait, avec son guide (Légion, dans mon cas) demandant s'il avait déjà vu un Quarien sans son masque.
Lorsque j'ai répondu que j'avais effectivement vu un Quarian démasqué, Legion a répondu quelque chose du genre "alors vous ne devez pas associer ce Quarian à ceux que vous voyez". Selon Murgatroid99 dans les commentaires ci-dessous, la ligne est quelque chose de proche de : "Alors vos souvenirs de ce quarien ne correspondent pas à nos données historiques".
Cela pourrait, comme Adeese le mentionne dans sa réponse, signifier qu'un seul Quarien n'est pas suffisant pour extrapoler un visage pour "n'importe quel Quarien" ; personnellement, cependant, j'ai pris cela pour signifier que vous pensiez suffisamment bien de Tali pour ne pas l'associer aux Quariens prêts à commettre un génocide sur les Geth. J'aime aussi la théorie de Ben Brocka dans les commentaires à cette question : "C'est la façon dont Shepard pense aux Quariens, qui est encore sûrement peinte par les dizaines de Quariens en costume, pas celui qu'il a vu démasqué."