Oui, il y a des différences. D'après le cette question-réponse sur IGN :
Chaque personnage a sa propre aventure. Il y a des chevauchements sur quelques étapes, mais la plupart du temps, chaque rebelle a l'occasion de de briller d'une manière différente.
[...]
Niobe est tout en finesse, donc en conduite coopérative. le volant. Ghost est plutôt un homme de la gâchette, alors dans les niveaux de conduite, c'est lui qui tire. de conduite, c'est lui qui tire. Les niveaux de Ghost ont également tendance à être un peu plus courts.
Attention aux spoilers, sur ce lien il y a un walktrough complet du jeu.