Une fois que vous avez atteint le plafond, tout ce que vous gagnez au-delà de ce montant est gaspillé/jeté/ignoré. L'affection négative le fera immédiatement baisser du montant de la modification de l'affection négative. Mais vous pouvez toujours le faire remonter plus tard.
Quelques centaines perdues ici ou là ne vont pas trop changer les effets (la vitesse de la mission du compagnon, etc.). Je ne m'en préoccuperais donc pas trop.
L'accomplissement lié à l'obtention de 10000 réputation pour ce compagnon spécifique sera cependant conservé. Une fois gagné, il ne disparaît jamais, même si le niveau d'affection descend en dessous de ce montant. Il en va de même pour les bonus d'héritage qui restent, notamment ceux qui permettent d'accomplir toutes les missions des compagnons (ce qui est indirectement lié à l'affection des compagnons).
Je ne suis pas sûr du dernier paragraphe de la question ; mais si vous demandez si vous avez une seule mission qui attribue différents points d'affection tout au long de la mission, elle totalise tous les gains/pertes et donne un nombre final, sans tenir compte d'un éventuel plafond. Ensuite, lorsque la mission est terminée, la valeur finale de l'affection est appliquée. Si elle était positive et qu'elle dépasse le plafond, elle est perdue.
Par exemple, vous pouvez déjà avoir atteint le plafond, commencer une mission et gagner 20 points d'affection, puis plus tard, au cours de la même conversation/mission, en perdre -2. Le résultat final serait de 18, à la fin de la mission, qui seraient alors appliqués et ces 18 points seraient gaspillés. (En d'autres termes, cela ne no gaspiller les 20 premiers sur la casquette, puis vous laisser avec -2 qui seront enlevés. Le plafond ne s'applique qu'au montant final de la mission).