La raison en est indiquée dans l'article de la [première citation que vous verrez au début du jeu](https://i.stack.imgur.com/5qeAV.jpg ""The mind of the subject will desperately struggle to create memories where none exist..." -Barriers to Trans-Dimensional Travel, R.Lutece, 1889") .
Booker a été transporté par une déchirure dans un autre univers, et son esprit a dû s'inventer des souvenirs pour faire face au voyage dans un autre univers.
Remarquez que Booker ne savait pas ce qu'était Columbia ni où elle se trouvait (il a dû demander au premier homme qu'il a vu à Columbia où il se trouvait), et qu'il s'est montré surpris de voir une ville volante. Et ce, bien que Columbia ait été une partie importante des États-Unis (avant leur sécession) et qu'elle ait pris part à une bataille majeure de cette période, le Rébellion des Boxers . On peut sans doute affirmer que la Colombie n'existait pas dans l'univers de Booker.
Pour donner un sens à tout cela, Booker a dû modifier ou créer de nouveaux souvenirs pour faire face au fait d'avoir été transporté dans un autre univers. Autre réponse a déjà mentionné que Robert Lutece (qui a également été transporté dans un autre univers avant Booker), en a fait l'expérience.
Un autre exemple où Booker s'invente de nouveaux souvenirs est celui où il est transporté dans l'univers où il est un martyr de la Vox Populi. Il se "souvient" alors qu'il est/était un héros dans cet univers et qu'il s'est battu avec Slate (au lieu de se battre contre Slate dans l'univers précédent).
À la fin du jeu, Booker se "souvient" enfin complètement de ce qui s'est réellement passé, lorsqu'il a été transféré au jour de son baptême. Cet événement a marqué un tournant pour Comstock/Booker. L'un a accepté le baptême, l'autre non. Plus de détails concernant la fin et les lignes temporelles sont affichés dans ma réponse à une autre question sur la fin du jeu ici .