Fondamentalement, toutes les missions secondaires non liées à la fidélité de tous les personnages se composeront uniquement de la réalisation des activités et des cibles déjà marquées sur la carte. Celles de Kinzie consisteront toujours entièrement en Piratages de Magasins, alors que les missions secondaires des autres personnages seront plus variées. En fin de compte, accomplir chaque mission secondaire nécessitera de compléter essentiellement tout sur la carte, même si vous n'aurez besoin que d'obtenir le bronze dans les activités.
Quant à votre deuxième question, non, vous ne pouvez pas obtenir les récompenses de la mission secondaire uniquement en réalisant les activités/cibles de votre propre chef sans la mission. Vous pouvez cependant faire les activités/cibles bien avant d'entreprendre la mission, et accomplir la mission en un temps très court une fois que vous l'avez prise. Au maximum, vous devrez entrer dans la simulation, marcher un peu pendant que les gens parlent, puis retourner au vaisseau pour obtenir la récompense. Vous pouvez même obtenir du crédit partiel ; si une mission secondaire comporte cinq activités, et que vous en avez fait trois avant de prendre la quête, alors trois objectifs seront déjà complets, et il ne vous restera plus qu'à faire les deux autres.