Le succès se débloque en recrutant l'un des trois pilotes secrets,
chacun d'une race différente dans FTL : une Mante, un Rockman et un Zoltan.
Contrairement aux pilotes normaux, ils ne peuvent être rencontrés que dans des nacelles spéciales, et non dans des Time Pods normaux ou en tant que bonus de l'Île Parfaite. Une capsule spéciale peut être déclenchée au cours d'une mission en ramassant une balise cachée dans une tuile de glace ou une tuile de montagne.
Une balise peut être observée sous la glace fissurée ou à l'intérieur d'une montagne fissurée et la tuile dans laquelle il se trouve peut être endommagée ou non au début d'une mission. Une fois libérée, la balise doit être ramassée par un mécha, ce qui déclenche la chute de la nacelle à la fin du tour. Protégez la capsule jusqu'à la fin de la bataille et elle sera ouverte comme d'habitude.