J'ai peut-être trouvé la réponse. Je n'avais pas réalisé qu'il utilisait le répertoire de données du lecteur Flash au lieu d'un endroit plus logique, comme le dossier Documents ou Steam.
A partir de la Forums Machinarium :
Windows:
"%AppData%\Macromedia\Flash Player\#SharedObjects\{RANDOMWORD}\localhost\{PATH_TO_MACHINARIUM_INSTALL_DIRECTORY}\machinarium.exe\Machinarium.sol"
Mac:
"~/Library/Preferences/Macromedia/Flash Player/#SharedObjects/{RANDOMWORD}/localhost/{PATH_TO_MACHINARIUM_INSTALL_DIRECTORY}/machinarium.exe/Machinarium.sol"
Linux/Unix:
"~/.macromedia/Flash_Player/#SharedObjects/{RANDOMWORD}/localhost/{PATH_TO_MACHINARIUM_INSTALL_DIRECTORY}/machinarium.exe/Machinarium.sol"
Pour faire court, si vous utilisez régulièrement quelque chose comme Ccleaner pour vider vos fichiers temporaires, alors vos sauvegardes de jeux seront détruites.