Le mouvement tridimensionnel ne se produit peut-être pas très souvent mais les créatures sont toujours limitées par les règles de déplacement habituelles.
Si un pouvoir ou une capacité dit que la créature ne peut téléporter que trois cases alors elle ne peut téléporter que trois cases, peu importe dans quelle direction elle se déplace. Il n'y a rien dans les règles qui stipule qu'une créature peut téléporter n'importe quelle distance verticalement, je ne sais donc vraiment pas d'où votre MJ sort ça. Comme le mentionne GMJoe, le fait de pouvoir téléporter n'importe quelle distance verticalement pourrait entraîner des situations très déséquilibrées.
Le Recueil de règles fait référence à l'utilisation des cases en termes de hauteur verticale sous le titre Déplacement en trois dimensions (ainsi que d'autres sources comme l'escalade et le vol comme indiqué dans les commentaires) et mentionne comment déterminer la distance entre différents niveaux d'élévation :
Placer un petit d6 ou d4 à côté d'une figurine ou d'un jeton est un bon moyen de mesurer sa distance au-dessus ou en-dessous du niveau du sol. Le nombre sur le dé indique combien de cases la créature est au-dessus ou en-dessous de ce niveau. [...] Déterminer la distance entre deux créatures au-dessus ou en-dessous l'une de l'autre est simple : d'abord, comptez les cases entre les deux créatures comme si elles étaient à la même élévation, puis comptez la différence entre leurs élévations. Utilisez le nombre le plus élevé de ces deux chiffres. (p.206)
Il est également mentionné dans le RC qu'un espace de créature est en fait un cube tridimensionnel et, bien que cela dise seulement l'espace d'une créature, ce n'est pas difficile de dire que les espaces non occupés sont également des cubes. Comme indiqué à la page 200 :
L'espace d'une créature est la zone, mesurée en cases, que la créature occupe sur la grille de combat. Cette zone représente l'espace tridimensionnel qui [...] Malgré la forme cubique de son espace, une créature n'est pas réellement un cube (à moins qu'il ne s'agisse d'un cube gélatineux).
Par conséquent, le rebord (40 pieds de hauteur) serait haut de huit cases et une créature qui pourrait téléporter trois cases (ou 15 pieds) ne pourrait pas parcourir cette distance depuis le sol.