Oui, vos données de sauvegarde sont transférées.
Selon Nintendo Support:
Où sont stockées les données de sauvegarde de jeu?
Sur Nintendo Switch, les données de sauvegarde de jeu sont stockées dans la mémoire système de la console. Cela ne changera pas que ce soit un logiciel téléchargeable ou un logiciel provenant d'une carte de jeu qui est joué.
Les données de sauvegarde de jeu ne peuvent pas être enregistrées ou copiées sur une carte microSD.
En ce qui concerne la possibilité d'accéder à ces sauvegardes lorsque vous achetez la version numérique:
Les données de sauvegarde peuvent-elles être utilisées entre les jeux physiques et numériques sur Nintendo Switch?
Les données de sauvegarde sont stockées dans la mémoire système et, pour la plupart, elles sont associées à l'utilisateur individuel. Tant que le même utilisateur est sélectionné sur la console, les données de sauvegarde ne seront pas affectées que le logiciel soit joué à partir d'une carte de jeu ou téléchargé depuis le Nintendo eShop.
Remarque:
Il est possible que vos données de sauvegarde ne soient pas transférées si la copie numérique est d'une région différente, comme le Japon, l'UE, l'Amérique, etc.
Cela s'explique par (Source):
Est-ce que le DLC d'une région peut être utilisé avec le même titre de logiciel d'une autre région?
Le DLC fonctionnera avec les jeux sortis pour la même région que le DLC.
Vous pouvez identifier la région prise en charge en vérifiant l'emballage du jeu ou en allant dans les options du menu du logiciel du jeu, sous Informations sur le logiciel et ensuite Informations de support.
Alors que cela s'applique uniquement au DLC, il est possible que cela s'étende également aux données de sauvegarde.