Non.
La prolifération ne concerne que les compteurs.
701.26a Proliférer signifie choisir un nombre de permanents et/ou de joueurs qui ont un compteur, puis donner à chacun un compteur supplémentaire de chaque type que le permanent ou le joueur possède déjà.
La taxe du commandant n'a rien à voir avec un compteur. Un compteur est un objet physique utilisé lorsqu'un effet vous le dit.
121.1. Un compteur est un marqueur placé sur un objet ou un joueur qui modifie ses caractéristiques et/ou interagit avec une règle, une capacité ou un effet. Les compteurs ne sont pas des objets et n'ont pas de caractéristiques. Notamment, un compteur n'est pas un jeton, et un jeton n'est pas un compteur. Les compteurs portant le même nom ou la même description sont interchangeables.
La taxe du commandant n'utilise pas du tout de compteurs.
903.8. Un joueur peut lancer un commandant qu'il possède depuis la zone de commandement. Un commandant lancé depuis la zone de commandement coûte {2} supplémentaires pour chaque fois précédente où le joueur l'aura lancé depuis la zone de commandement au cours de la partie. Ce coût supplémentaire est informellement connu sous le nom de "taxe du commandant".