L'objet que vous décrivez ressemble à du fait maison, ce qui signifie que la seule personne à pouvoir vous fournir une réponse officielle serait le MD qui vous l'a donné.
Cependant, si nous prenons votre description au pied de la lettre :
Mon MD m'a donné un couteau magique qui inflige 3d6 dégâts et a un bonus de +1 aux jets d'attaque.
Alors cette arme n'ajoute rien aux jets de dégâts, car vous dites qu'elle ajoute +1 aux "jets d'attaque" et le jet de dégâts n'en fait pas partie.
Dans le cas où cette arme aurait "+1 aux jets d'attaque et de dégâts", vous ajouteriez +1 au dégâts total infligés, car même si le poignard lance 3 dès pour les dégâts, ces 3 dés ensemble correspondent toujours à un seul "jet de dégâts". (Comme si vous aviez fait un coup critique avec une arme normale ou balayé avec une épée longue; vous pourriez lancer 2 dés pour les dégâts, mais il ne s'agit toujours que d'un seul jet de dégâts et vous n'ajouteriez toujours que +1 pour votre arme magique)
Les termes devraient être assez spécifiques s'il ajoutait +1 à chaque dé lancé. Mais, encore une fois, il s'agit d'une arme fait maison donc la seule réponse officielle peut venir de votre DM.
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Pas de problème, il y a une petit période d'apprentissage sur ce site. Vous pourriez vouloir faire le tour (c'est assez rapide) pour comprendre comment les choses fonctionnent ici, et vous pouvez également visiter le centre d'aide pour plus d'informations.