La réponse courte est Non, vous avez les mods installés pour toutes les sauvegardes ou vous ne les avez pas du tout.
La réponse longue est que vous pouvez tout à fait le faire, mais vous devez installer le jeu plusieurs fois. Je me souviens que Scott Manly a fait un épisode qui expliquait comment il pouvait faire tourner différentes versions de KSP pour pouvoir utiliser certains mods qui ne sont plus supportés.
Kerbal Space Program - Comment sauvegarder vos anciennes versions sur Steam
Il copie le dossier entier du jeu KSP et le déplace vers un dépôt. Ensuite, il copie simplement la version et les mods qu'il souhaite dans le répertoire habituel.
Editar : Copier le dossier C:\Program Fichiers (x86) \Steam\SteamApps\common\Kerbal Space Program vers un autre emplacement (par exemple, Documents). Ensuite, lorsque KSP se met à jour, vous pouvez revenir à l'ancienne version en recopiant le fichier.