Est-ce que Ganon "reconnaît" le clan Yiga ? Non.
Según la Wikia Zelda Le clan Yiga n'a pas nécessairement été formé pour suivre Ganon - il a été formé en raison de la haine envers les Hyliens, auxquels ils ont prêté allégeance.
(c'est moi qui souligne)
Il est révélé par le Sheikah Cado qu'après s'être avéré être la clé pour sceller le Calamity Ganon il y a 10 000 ans, l'ancienne technologie Sheikah a d'abord été louée comme le pouvoir des dieux. Cependant, les habitants d'Hyrule ont commencé à craindre leur technologie comme une menace pour le royaume. En conséquence, les Sheikah sont devenus des parias et ont vécu en exil. Bien que la plupart des Sheikah aient choisi de se débarrasser de leur technologie et de vivre une vie simple, d'autres ont nourri de la haine envers le royaume d'Hyrule pour avoir évité les Sheikah malgré tout ce qu'ils avaient fait pour lui, ce qui les a amenés à prêter allégeance à Ganon. C'est ainsi qu'est né le clan Yiga, qui se consacre à l'élimination de tous ceux qui s'opposent à Ganon.
100 ans avant que la Grande Calamité ne se produise, le clan Yiga a tenté d'assassiner Zelda afin d'empêcher que Ganon ne soit à nouveau scellé.
Selon le Journal de Zelda, il est révélé que le clan Yiga était actif il y a 100 ans, peu avant les événements de la Grande Calamité. À un moment donné, le clan Yiga a tenté d'assassiner la princesse Zelda avant qu'elle ne puisse réveiller ses pouvoirs de scellement qui constituaient une grande menace pour le retour de Ganon le Calamiteux.
Donc, pour répondre à votre question, Ganon ne reconnaît pas le clan Yiga, mais les membres du clan feront tout ce qui est en leur pouvoir pour assurer le retour de Ganon et la destruction d'Hyrule.