Le meilleur moyen est de les forcer à faire face aux conséquences logiques de leurs actions. C'est encore mieux si c'est une conséquence à laquelle ils n'avaient pas pensé ou qu'ils n'avaient pas prévue.
Si la conséquence logique est un TPK, vous pouvez vous en tenir à cela, ou ajouter un Deus ex Machina pour sauver les PC et maintenir le jeu (mais pénaliser les joueurs de manière astucieuse).
(edit) Je n'ai pas lu la question correctement. Si vous voulez leur donner de la spontanéité, j'ai quelques idées :
- Un PNJ, ou un groupe de PNJ, qui s'engage également dans une action spontanée et qui, d'une manière ou d'une autre, parvient toujours à gêner les PC. Un culte ? Des pirates ? Des anarchistes ?
- les effets sur l'environnement. (tempête ionique ? pluie de météores ? éruption solaire ?)
- Dysfonctionnements des systèmes, soit dans leur propre vaisseau, soit dans le vaisseau qu'ils contournent en douce - certains seront utiles, d'autres nuisibles, d'autres encore pourraient être les deux (dysfonctionnement de la gravité artificielle).
Faites un tableau à l'avance et lancez le dé en fonction de ce qui se passe - si c'est quelque chose qui vous mettrait dans l'embarras ou rendrait la mission impossible ou facile, vous pourriez vouloir relancer le dé.