Je pense que la plupart des gens interpréteraient mal votre utilisation du mot "surnaturel". Après tout, il s'agit d'un cadre fantastique, et donc la magie est partout. Je ne vais pas dire qu'un personnage comme celui-ci ne fonctionnera pas du tout. Mépriser les institutions religieuses, et la religion en général, aurait toujours un sens dans ce monde. C'est un début.
Je dirais que le terme "surnaturel", dans ce cas, désigne des êtres non-morts/spirituels. De nombreuses religions impliquent une vie après la mort, et certaines disent que vous pouvez communiquer avec les esprits de vos ancêtres, ou qu'ils peuvent communiquer avec vous en laissant des présages, par exemple. Votre personnage pourrait très facilement rejeter ces affirmations, estimant qu'il est impossible de parler aux morts. De plus, d'après ce que vous avez décrit, il/elle aurait des idées très arrêtées sur l'utilisation de la nécromancie, qui est de toute façon proscrite dans la plupart des civilisations de Pathfinder. Donc, en fait, tout cela se tient plutôt bien.
Vous pourriez également dire que votre personnage ne croit pas à la magie divine, puisqu'elle est censée être accordée par les divinités, bien que vous deviez indiquer de quelle source il/elle croit qu'elle provient à la place. Il existe en fait une section sur la "fausse magie divine" dans le wiki Pathfinder (sous "Magie divine"), où des utilisateurs de magie des arcanes ont prétendu qu'ils accordaient de la magie divine à leurs disciples.
J'espère que cela vous aidera.